事例で検討
平成16年にＡ市からＢ市に住み替えをし、Ｂ市のマイホームに住宅ローン控除の適用を受けました。
平成17年にはＡ市の旧マイホームを売却したので、本年の申告では譲渡所得について、マイホームの3,000万円特別控除を受けようと思っています。
アドバイス
マイホームを取得した翌年と翌々年に、旧マイホームを売却して譲渡所得の特例を受けた場合は、住宅ローン控除はさかのぼって適用されなくなります。
つまり、はじめから適用がなかったことになりますので、控除された税金については返さなくてはいけません。
住宅ローン控除が適用されない
条件は？
次に該当する場合には、住宅ローン控除が適用されません。
（1）住宅ローン控除の適用対象になる家に入居したり、増改築等をした部分を居住用にした居住者が、居住年分、その前年分、前々年分の所得税について、次の特例を受けている場合には、その入居年以後6（15または10）年間の各年分
■居住用財産を譲渡した場合の長期譲渡所得の課税の特例
■居住用財産の譲渡所得の特別控除
■相続等により取得した居住用財産の買換えの場合の長期譲渡所得の課税の特例
■相続等により取得した居住用財産を交換した場合の長期譲渡所得の課税の特例
■特定の居住用財産の買換え及び交換の場合の長期譲渡所得の課税の特例
■既成市街地等内にある土地等の中高層耐火建築物等の建設のための買換え及び交換の場合の譲渡所得の課税の特例
■認定事業用地適正化計画の事業用地の区域内にある土地等の交換等の場合の譲渡所得の課税の特例
（2）住宅ローン控除の適用対象になる家に入居したり、増改築をした部分を居住用にした年の翌年、翌々年中に、その家（敷地も含まれます。）以外の資産（旧マイホーム）の譲渡をした場合に、それについて（1）の特例を受けるときは、その入居等した年以後6（15または10）年間の各年分
ご質問の場合は、上記の（2）の場合になりますので、住宅ローン控除はさかのぼって適用されないことになります。
よって、平成16年分については修正申告して、住宅ローン控除相当額の税額を納付しなければなりません。